Raja Ampat liegt mitten im sogenannten Korallendreieck, einem Zentrum mariner Artenvielfalt

Die Durchschnittstemperatur im Flachland liegt bei 27°C das ganze Jahr über. In der Regel kann man heißes und schwüles Klima an den Küsten und kühles bis kaltes Wetter in den Hochebenen und Gebirgen erwarten.

In der Sorong und Raja Ampat Region fällt der Regen von Mai bis September, aber das ist unberechenbar und nur selten fällt er für mehr als ein paar Tage, in jedem Fall.

Während des Nordwestmonsuns von November bis April, fallen starke Regenfälle an der Nordküste, während das Hochland Regengüsse von Dezember bis März erfährt. Der Südwestmonsun von Mai bis Oktober lädt seinen Regen auf die Berge ab und lässt die Küste relativ trocken.